Lembaga Penelitian dan Pengabdian Masyarakat (LPPM), merupakan sebuah Intitusi yang berjalan secara independen, dan bersinergi dibawah naungan Institusi Universitas Amikom Purwokerto. Lembaga Penelitian dan Pengabdian kepada Masyarakat dibentuk berdasarkan surat keputusan Ketua STMIK Amikom Purwokerto No. 005/K.02/STMIK AMIKOM/PWT/II/2009 tentang pembentukan Lembaga Penelitian dan Pengabdian kepada Masyarakat STMIK Amikom Purwokerto (LPPM UAP). Selanjutnya pada bulan Juli tahun 2019 STMIK Amikom Purwokerto sesuai dengan terbitnya Surat Keputusan No. 514/KPT/I/2019 berubah bentuk menjadi Universitas Amikom Purwokerto. Perubahan bentuk tersebut diikuti dengan perubahan LP2M menjadi LPPM Universitas Amikom Purwokerto yang dipimpin oleh Ketua LPPM. Ketua LPPM dalam menjalankan tugasnya bertanggung jawab kepada rektor dan dibantu oleh sekretaris LPPM bersama para koordinator pusat maupun bidang. Adapun koordinator yang ada pada LPPM UAP meliputi:

1. Koordinator Pusat Penelitian dan inovasi,
2. Koordinator Pusat Pengabdian kepada Masyarakat,
3. Koordinator Pusat Pelayanan Sentra KI dan Paten,
4. Koordinator Pusat Inkubator Bisnis dan Kemitraan, dan
5. Koordinator Bidang Publikasi Ilmiah.

Ketua LPPM setiap tahun melaporkan hasil kinerja kepada Rektor dan Ditjen Dikti melalui Platform Online seperti Simlitabmas dan BIMA. Peran serta LPPM di lingkungan Universitas Amikom Purwokerto merupakan objek vital dalam melaksanakan fungsi Tri Dharma Perguruan Tinggi. LPPM yang bergerak di bidang Penelitian dan Pengabdian Masyarakat juga turu serta membangun kemitraan secara dinamis antara Insan Akademisi, Mitra Industri, dan Masyarakat Umum. Sebagai bentuk kontribusi Universitas Amikom Purwokerto dalam turut berperan mengambangkan Ilmu Pengetahuan dalam bentuk bukan hanya transfer knowledge namun juga melakukan transformasi knowledge.