Lembaga Penelitian dan Pengabdian Masyarakat (LPPM), merupakan sebuah Intitusi yang berjalan secara independen, dan bersinergi dibawah naungan Institusi Universitas Amikom Purwokerto. Lembaga Penelitian dan Pengabdian kepada Masyarakat dibentuk berdasarkan surat keputusan Ketua STMIK Amikom Purwokerto No. 005/K.02/STMIK AMIKOM/PWT/II/2009 tentang pembentukan Lembaga Penelitian dan Pengabdian kepada Masyarakat STMIK Amikom Purwokerto (LPPM UAP). Selanjutnya pada bulan Juli tahun 2019 STMIK Amikom Purwokerto sesuai dengan terbitnya Surat Keputusan No. 514/KPT/I/2019 berubah bentuk menjadi Universitas Amikom Purwokerto. Perubahan bentuk tersebut diikuti dengan perubahan LP2M menjadi LPPM Universitas Amikom Purwokerto yang dipimpin oleh Ketua LPPM. Ketua LPPM dalam menjalankan tugasnya bertanggung jawab kepada Rektor Universitas dan dibantu oleh Sekretaris bersama para Kepala Bagian. Adapun Kepala Bagian yang ada pada LPPM Universitas Amikom Purwokerto meliputi:

1. Kepala Bagian Penelitian dan inovasi,
2. Kepala Bagian Pengabdian Masyarakat,
3. Kepala Bagian Sentra Kekayaan Intelektual & Paten,
4. Kepala Bagian Inkubator Bisnis & Kemitraan, dan
5. Kepala Bagian Penerbit & Publikasi Ilmiah

Ketua LPPM setiap tahun melaporkan hasil kinerja dan pertanggungjawaban kepada Rektor Universitas, LLDIKTI Wilayah VI, dan Dijten DIKTISAINTEK. Peran serta LPPM di lingkungan Universitas Amikom Purwokerto merupakan objek vital dalam melaksanakan fungsi Tri Dharma Perguruan Tinggi. LPPM yang bergerak di bidang Penelitian dan Pengabdian Masyarakat juga turut serta membangun kemitraan secara dinamis antara Insan Akademisi, Mitra Industri (DUDI), dan Masyarakat Umum. Sebagai bentuk kontribusi Universitas Amikom Purwokerto dalam turut berperan mengambangkan Ilmu Pengetahuan dalam bentuk bukan hanya transfer knowledge namun juga melakukan transformasi knowledge.